所有培養過程中接觸到的設備和試劑都要進行滅菌,滅菌方法的選擇主要取決于物品在高溫下的穩定性,通常情況下,如果物品可抗高溫,如金屬,玻璃,耐熱的塑料(如PTFE),就可采用干熱滅菌法,這是最簡單有效的方法之一,這種方法可以使放置的物品的所有部位在滅菌過程中都達到所需的溫度.溫熱滅菌也是一種高效的方法,可應用于熱穩定的液體,如水,鹽溶液或一些特殊配方的培養基.放射線可用于消毒不耐熱的物品,如塑料.由于需要相當高的劑量(25kGy),一般要在中心設備中進行,它也能提供電子波滅菌.乙烯氧化物也可用于不耐熱塑料的滅菌,但這種方法會導致乙烯氧化物吸附在塑料表面,需要幾天才能揮發釋放.還可使用其他化學滅菌劑,包括次氯酸鈉和氯仿,但它們更多是作為消除污染的試劑而用于液體和塑料物品的滅菌.氯仿還可用于熏蒸.
不耐熱的液體可采用微孔過濾法滅菌.有正壓過濾法:如將濾器與相應大小的注射器的出口相連,有總直徑大于293mm的內嵌盤狀濾器,也有內部有許多皺折,面積大于1000cm2的筒狀濾器;還有負壓過濾法;將一個真空瓶與濾器相連/負壓過濾雖然需要一個真空管或真空泵,但卻是一種簡單有效的過濾方法,因為過濾后的液體可直接收集至瓶中儲存起來.不過負壓過濾會導致pH升高,因為溶解在培養基中的CO2會丟失.

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